Kegiatan belajar mengajar di pesantren sangat beragam dan seringkali dipengaruhi oleh kurikulum yang diterapkan serta filosofi pendidikan yang menjadi dasar lembaga tersebut. Namun, secara umum, berikut adalah beberapa kegiatan belajar mengajar yang lazim terjadi di pesantren:

1. Pembelajaran Agama: Ini merupakan inti dari pendidikan di pesantren. Siswa belajar tentang ajaran Islam, seperti tafsir Al-Qur’an, hadis, fikih (hukum Islam), akidah (keyakinan), dan sejarah Islam. Pelajaran agama seringkali dilakukan secara rutin setiap hari dengan variasi metode pengajaran yang meliputi pengajian kitab, diskusi kelompok, dan ceramah.
2. Pembelajaran Akademik: Pesantren modern biasanya juga memberikan pembelajaran akademik seperti ilmu pengetahuan umum, bahasa, dan lain-lain. Ini bertujuan untuk memberikan siswa pengetahuan yang luas dan mempersiapkan mereka untuk menghadapi tantangan di luar pesantren.
3. Keterampilan Praktis: Beberapa pesantren juga mengajarkan keterampilan praktis seperti pertanian, kerajinan tangan, tata boga, dan lain-lain. Hal ini membantu siswa untuk mengembangkan keterampilan yang bermanfaat dalam kehidupan sehari-hari dan bisa menjadi sumber penghasilan di masa depan.
4. Pembinaan Karakter: Pesantren seringkali menekankan pembinaan karakter melalui berbagai kegiatan seperti pengembangan akhlak mulia, disiplin diri, tanggung jawab, serta kebiasaan baik lainnya. Ini dilakukan melalui pemantauan oleh guru dan pembina, serta melalui kegiatan keagamaan dan sosial.
5. Kegiatan Ekstrakurikuler: Pesantren juga biasanya memiliki kegiatan ekstrakurikuler seperti olahraga, seni, kesenian, dan klub-klub kegiatan lainnya. Hal ini bertujuan untuk memberikan kesempatan kepada siswa untuk mengembangkan minat dan bakat mereka di luar akademik, serta mempererat hubungan sosial antar siswa.
6. Pembinaan Rohani: Di samping pembelajaran agama formal, pesantren juga sering memiliki kegiatan pembinaan rohani seperti dzikir, wirid, dan kajian-kajian keagamaan lainnya. Ini bertujuan untuk memperkuat iman dan spiritualitas siswa serta membimbing mereka untuk hidup sesuai dengan ajaran agama.
7. Bimbingan Konseling: Beberapa pesantren juga menyediakan layanan bimbingan konseling bagi siswa untuk membantu mereka mengatasi masalah pribadi, akademik, dan sosial. Hal ini dilakukan untuk mendukung perkembangan holistik siswa secara keseluruhan.